江户时代的某个夜晚，新选组内竭尽放荡之能的屑山下众太郎（日村勇纪 饰）在路上突然遭到僵尸的攻击。组内担任监察工作的山崎烝（川冈大次郎 饰）和擅长棍术的见习组员火藤纯（山本千寻 饰）迅速出动围捕僵尸。虽然屑山侥幸逃生，但是他的心脏停止跳动，脉息不见，俨然变成了能够四下走动的活死人。另一方面，被捕获的僵尸属于武器商人——考夫曼商会，其在商会运输过程中伺机逃跑。为了夺回被新选组抓获的僵尸，商会派出本领高超的刺客唐人爱克斯（尚玄 饰）迎战新选组，他却遇见了正慢慢实现僵尸化的屑山。与此同时，僵尸病毒在京都肆意蔓延，古老的日本迎来史上从未有过的空前危机……