江户时代的一个夜晚，新选组里行事放纵的屑山下众太郎（日村勇纪 饰）在途中突然遭到僵尸袭击。组内负责监察的山崎烝（川冈大次郎 饰）和擅长棍术的见习组员火藤纯（山本千寻 饰）迅速行动围捕僵尸。尽管屑山幸运逃脱，但他心脏停跳、脉搏消失，俨然成了能四处走动的活死人。另一方面，被捕获的僵尸来自武器商人——考夫曼商会，它是在商会运输途中趁机逃走的。为夺回被新选组抓获的僵尸，商会派出技艺高超的刺客唐人爱克斯（尚玄 饰）与新选组对抗，他却遇上了正逐渐僵尸化的屑山。与此同时，僵尸病毒在京都疯狂传播，古老的日本迎来前所未有的危机……