航一和龙之介两兄弟因为父母离异而天各一方。小学六年级的航一跟着妈妈住在鹿儿岛娘家，妈妈忙着找工作，外公经营一家和式糕点铺子，外婆则热衷于学草裙舞。小两岁的龙之介则跟着当乐手的爸爸生活在福冈博德。兄弟俩一直想方设法让父母和好，希望一家四口能再度团聚。这天，航一听说了一个消息：贯通鹿儿岛和博德的九州岛新干线即将全线开通，开通那天从博德南下的飞燕号和从鹿儿岛北上的樱花号首次交错而过的瞬间将会发生奇迹，据说那是时速高达260公里的交错，会产生巨大的能量，目击这一刻的人能够实现他的愿望。航一非常高兴，认为看到了一家重聚的希望，他立刻和同学阿佑、阿真一起查地图，查出列车交错点是在熊本。随后航一兴冲冲地打电话给弟弟，不料龙之介却显得兴趣缺缺。龙之介不像哥哥那样留恋一家四口在大阪的生活，如今他过得相当不错，在班里有了不少新朋友，给老爸的演唱会打杂也很有意思。航一决定抛开弟弟“单干”，和阿佑阿真一道认真地构想起“奇迹计划”。与此同时，在同班的惠美、莲登和环奈的劝说下，龙之介也改变了态度，他打电话向哥哥道歉，表示要加入奇迹计划。终于到了出发的日子，航一等人带着幸知老师的鼓励，躲过阪上老师的阻挠，坐车到达了熊本川尻站，不久龙之介和几个女孩子一起也在对面的站台下了车。孩子们开始寻找能看清新干线交错的高处。奇迹的一刻即将来临 。