一心想要成为幽灵猎人的天空寺尊，在18岁生日那天，收到了十年前去世的父亲生前寄来的幽灵眼魂（Ghost Eyecon）。这时，来自异世界的怪人眼魔突然出现，盯上了这个幽灵眼魂。为了拯救青梅竹马月村明里和御成，天空寺尊不幸身亡。不过，在仙人的帮助下，他获得了Ghost驱动器并变身成为假面骑士Ghost，得以带着九十九日的短暂生命复苏。此后，他为了收集能实现复活愿望的“15位伟人”眼魂，投身到影响世界命运的战斗之中。