文明が発達し、自然や他人に対する思いやりや優しさが失われている現代、身勝手な人間たちに対する妖怪たちの怒りが爆発する。 人間排斥を企むぬらりひょん一派に対して、人間と妖怪の共存を望む幽霊族の少年、ゲゲゲの鬼太郎がそのたくらみを阻止すべく立ち向かう。 鬼太郎を慕う人間の少女、天童ユメコも登場し、愛と希望を信じる鬼太郎の戦いは続く…。 愛と希望に満ちた作品の新解釈は、鬼太郎を想う人間の少女ユメコに象徴される。前作までと違い、鬼太郎の生体的な武器に代わり、杖や鞭にもなる妖怪笛が登場。視聴者考案によるオリジナル話も作られた。