《不灭的李舜臣》围绕李舜臣、柳成龙、元均等人的人生展开，讲述了持续7年的朝日战争及败战主因。不过剧中严重弱化了中国明朝军队的军备，所刻画的明朝人物也不符历史，明军将领形象相当无能，似在传达没有明军朝鲜也能打败日本的意思。 李舜臣、柳成龙、元均三人自幼同窗。后来，柳成龙参加科举成为文官，元均习武成了武官。李舜臣为保护兄长李尧臣替考，又因祖父是逆贼科举落榜，后被方震收为弟子转而习武。长大后，元均和李舜臣都成为水军将领，柳成龙加入东人党，官至领议政。元均与李舜臣因战功问题产生矛盾，被朝廷党派利用，最终李舜臣被诬陷，元均被日军打死。 感情方面，师父方震的女儿对李舜臣一见钟情，而李舜臣的初恋是武术师父南宫斗的女儿。倭寇胁坂康义杀死南宫斗，掳走其女，李舜臣在胁坂康义左眼旁留下刀疤，也因此与胁坂安治结仇。后来，李舜臣与方震的女儿成婚，妻子贤惠明理，在他镇守边关时操持家庭，给予他很大支持。 明朝与朝鲜的相关情节中，明朝使者林世禄初到朝鲜，怀疑朝鲜与日本结盟攻大明，不肯派援军。朝鲜国王宣祖和领议政柳成龙先后向其跪地求情。随后，祖承训、李如松等明朝将领率军援朝。但明朝使者谭宗仁、沈惟敬瞒着朝鲜政府与日本小西行长和谈。和谈破裂后，日军再次入侵，明朝派杨镐等援助。柳成龙与杨镐组成朝明联合军，多次打败日军将领加藤清正。杨镐赏识李舜臣，引发明朝陆军提督刘綎不满，刘綎挑拨明朝水军都督陈璘与李舜臣的关系，使二人一度兵戎相见。一次作战中，陈璘的座舰被小西行长埋伏包围，绝望中他准备自杀谢罪，李舜臣派麾下老将军率舰队救援，老将军救出陈璘后不幸被日军火枪手击毙。经此一役，陈璘改变对李舜臣的偏见，二人结下深厚友情。丰臣秀吉病死后，日军准备撤退，小西行长派要时罗收买刘綎，要时罗绑架刘綎儿子，用一千颗首级和金银财宝诱使其给小西行长留活路，刘綎还将放跑日军的责任推给李舜臣，在陈璘等人帮助下，李舜臣的冤屈得以洗清。