故事叙述阿空、阿静、阿能、阿震、阿风和杨一击等六位个性迥异的年轻人，在曾受过军事训练的唐专员、 柯娜和福伯带领和帮助下，互相接纳、彼此学习，逐渐成长为拥有强大的爱心、超凡的意志及守护正义的能力的有为青年，组成了团结勇敢、战无不胜的“巨神战击队”。 六个年轻人运用神族留下的天、地、人派战卫力量以及十二台战击士，对抗试图消灭人类并淹没陆地的远古海族。战击队员们毅然决然迎接一次又一次挑战，在战斗中学习成长，最终众人团结一心，化解了海族的阴谋，保卫了地球。