第二季里，汤姆·莱利所饰的达芬奇，要拯救陷入萨帕兹家族阴谋叛乱危机的佛罗伦城，以及身受重伤的洛伦佐。他将挑战身体和精神的双重极限，保卫佛罗伦城免受来自罗马势力的侵袭。与此同时，美第奇家族会面临新一轮令人难以置信的威胁，而达芬奇也会继续踏上他的使命之路，去寻找《叶之书》，揭开他母亲过去不为人知的历史真相。很快，达芬奇便意识到，前方等待他的是致命的使命挑战——比西斯教皇更强大的敌人！他的探索会将他带往异国他乡，促使他重新评估自己对世界的认知以及对自身过去的看法。