该剧由《迷失》的制片人组合J.J. Abrams和Bryan Burk打造。第二季故事紧接第一季，在Finch（迈克尔·爱默生 饰）被神秘的Root小姐绑架后，“西装男”John Reese（詹姆斯·卡维泽 饰）向他在纽约警局凶杀科的侦探朋友Carter（塔拉吉·P·汉森 饰）以及Fusco（凯文·查普曼 饰）求助。经过周密调查，他们成功救出Finch，但Root逃脱。看似生活恢复正常，实则危机四伏。除了一心想将Finch的程序公开的Root，他们还得找出HR真正的幕后黑手。另一方面，联邦调查局和中央情报局都在全力追查John。只要机器存在一天，这座城市就仿佛不让他们有片刻休息。