一颗流星划过东京夜空，随它一同到来的还有希腊神话传说中的黄金苹果。善良的孤儿院女老师绘梨衣与孩子们过着平静的生活，但是她受到黄金苹果的召唤，化身为纠纷女神厄里斯。为了实现毁灭世界的目的，她绑架了女神雅典娜，并用金苹果将其捆住。随同纠纷女神一同复活的还有矢座魔矢、天琴座奥菲斯，南十字星古拉特、神盾座扬、奥利安座(猎户座)渣加等五位与黄金圣斗士实力相当的 亡灵圣斗士（五人生前为白银圣斗士，其中渣加在生前是最强的白银圣斗士。） 圣斗士星矢：邪神厄里斯正享受和平生活的星矢、紫龙、瞬和冰河收到厄里斯送来的挑战书，他们重新穿上圣衣前往女神被困所在地，女神危在旦夕。到达圣域的星矢众人遭遇亡灵五人组，随即陷入苦战 。在星之子学园外，绘梨衣遇到交通意外，幸好冰河及时出手相救。原来星矢、冰河、瞬与及 沙织小姐，一同来到星之子学园，星矢更受到孩子的欢迎。晚上，冰河与绘梨衣闲谈间，一颗慧星越空而过。当两人分别后， 绘梨衣独自来到慧星降落的地方，发现了一颗黄金苹果。自此，绘梨衣受到 厄里斯的操纵，翌日更在林中袭击 沙织并且绑架了她。接着，山中出现了厄里斯的神殿，而五名 亡灵圣斗士也从死亡中复活过来。厄里斯利用黄金苹果吸收沙织的生命力，同时向雅典娜的圣斗士发出挑战书。 圣斗士星矢：邪神厄里斯星矢他们必须在日落前救出沙织，所以一行四人分头向神殿进发。星矢首先遇上 魔矢，轻松地解决对手后却中了毒箭。冰河在与 克莱斯特战斗的时候被厄里斯的手扙所伤。 紫龙对顽强的扬陷于苦战，击败对手的同时自己亦力尽倒地。当瞬被 奥菲斯的琴弦所困时，幸得 一辉出现，轻易地打败奥菲斯。到达神殿的星矢不是渣加的对手，连赶上来的一辉也不敌，星矢更被打下悬崖。最后，星矢得到众人的鼓励，燃烧小宇宙至极限，穿上人马座的黄金圣衣，把 渣加打败。面前的敌人只有厄里斯一人，星矢最终的一箭同时把厄里斯与及黄金苹果毁去。各人都安然无恙，世界再次回复和平 。