《史上最恐怖的剧场版》事件过去一年半了。工藤和市川被卷入另一个世界后依旧下落不明。就在这时，新宿上空突然出现了一个“巨人”。政府部门调查后，认定其没有危险性，于是人们便不再理会这个怪异的存在，照旧过着自己的日子。与此同时，独自留在这个世界的田代，为了解开“巨人”的谜团，营救工藤和市川，持续展开调查。她怀疑在东京各地发现的恐怖人偶与“巨人”有关联，可始终找不到确切的证据。就在此时，“一个男人”出现在了田代的面前……