基地移設が進められようとしている辺野座に暮らす結介は、ジュゴンに魅せられるあまりに不登校になってしまう。彼の家を訪ねたクラスメートのユメと裕人、担任の良太は、部屋が基地移設反対デモに使われるプラカードなどであふれているのを目にする。一方、町の人々は基地移設にあたって自然を壊す際には若い女性を生けにえとして神にささげるという、古くからの儀式を行わねばならないのではないかと悩み出す。やがて、儀式の存在を知った、良太、カメラマンの剛志、編集者の健一に、不可解なことが起こり始め……。