幕末时代动荡不安，敌我双方攻伐不断，势力此消彼长，期间涌现出无数豪杰高手，共同书写着豪迈壮观的明治维新史。在这些人当中，维新一派的传奇剑客刽子手拔刀斋声名远扬，然而随着新时代的来临，他的身影仿佛隐匿在了历史长河之中。明治11年，日本东京街头出现了一个自称“刽子手拔刀斋”的男人，他无故斩杀路人，搞得人心惶惶。从先父手中继承神谷道场的美丽女孩神谷薫不顾危险，鲁莽地走上街头寻找拔刀斋，危急时刻，被一个路过的男人救下。而这个男人，正是消失已久的拔刀斋本人——绯村剑心。自明治维新成功后，他立下绝不再杀害一人的誓言，隐姓埋名，带着一把逆刃刀独自浪迹各地。而假冒拔刀斋之名行凶作恶的，是受雇于黑心实业家武田观柳的保镖鹈堂刃卫。武田表面光鲜，实则包藏着统治世界的野心，为此他操控女医师高荷惠制作鸦片，并用贩毒所得的巨额资金四处购买武器。武田的罪恶行径早已引起前幕府新选组成员斋藤一、现任明治政府警官藤田五郎的关注，但在武田付诸实际行动之前，他们无法直接干预。与此同时，武田妄图夺取神谷道场附近的土地，为此不惜残杀当地百姓。剑心在神谷道场短暂停留期间，真切感受到了周围人们的痛苦，于是他和吵吵闹闹的相乐佐之助联手，前往有250名护卫重兵把守的武田府邸。