第二次世界大战前夕，一名普通陆军士兵（龟梨和也 饰）因帮同伴殴打长官，被军事法庭判处死刑。关键时刻，神秘男子结城（伊势谷友介 饰）出现，将他吸纳进专门培养间谍的秘密部门——D机关。青年历经层层考验后得到第一项任务。此前有犹太科学家遭暗杀，其记载最新式武器设计图的黑色笔记据说落入美国大使欧内斯特·格雷厄姆（理查德·莫斯 饰）手中。青年化名嘉藤次郎前往被称为魔都的城市，伺机盗出笔记。与此同时，英、苏、德等国特工也闻风而动，一场顶尖的间谍大战即将上演…… 本片根据柳广司的同名系列小说改编。