五河士道只是一名普通的高校二年生，然而在在四月十日，随着一场奇怪的大爆炸(空间震)，意外的与一名身穿盔甲手持大剑的神秘少女相遇。这名少女的正是所谓的“精灵”，是会给世界带来灾难的存在，因此这名少女也正遭到对“精灵部队·AST”的攻击。于是，有着会去帮助有困难、有悲伤的人的温柔性格的士道，主动提出要与精灵进行交涉的任务，随后，士道发现了自己拥有的特殊体质，那就是可以通过接吻，来封印(吸收)精灵力量的能力，并且将精灵受到致命伤恢复再生的能力。