海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也）正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体，突然遇到蓝光，受发光体影响，其遗传因子标准发生变质，变成了凶恶怪兽 THE ONE。之后，THE ONE 从防卫厅内特殊机关 BCST（生物工程学研究机关）的监视下逃走，从此销声匿迹。 另一方面，航空自卫队 F15J 飞行员真木舜一（别所哲也），为了有更多时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦，决定辞去官职。在最后一次飞行时，真木在“THE ONE 事件”发生 3 个月后与“红色发光体”在空中相遇。幸运的是，真木奇迹般生还，随后转职成为民航机飞行员，开启了新生活。然而，有机关对真木十分关注，尤其是 BCST 的化学担当官水原沙罗。BCST 将真木强制带走，在废工厂搭建的研究室对其进行身体监视。此时，行踪不明的怪兽 THE ONE 仿佛被某种东西吸引，再次出现……