人类文明步入动乱之境，地球被战火所笼罩，各大主要城市接连沦陷，人类四处奔逃，伤亡惨重。尽管星野铁郎（野沢雅子 配音）摧毁了机械化星球，但机器人与人类的战争仍在持续，人类已然到了生死攸关的危急时刻。关键时刻，铁郎收到梅蒂尔（池田昌子 配音）传来的信息，让他重新登上银河铁道999号。在众多战友的协助下，铁郎突破重重火线，历经波折，最终登上了久违的银河铁道999号，再度开启了一段漫长、孤独且充满惊险的宇宙之旅…… 本片是《银河铁道999》第二部剧场版动画。