“第二次冲击”这一突袭世界的大灾难过后，世界于废墟之上重新建设。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡召唤到第3新东京市。满心以为能得到父亲迎接的他，却目睹名为“使徒”的巨大生物正在与军队激烈交火。千钧一发之际，特务机关NERV的葛成美里救下真嗣，并将他带到碇元渡统领的NERV总部。然而，等待真嗣的却是父亲冷酷下达的命令：驾驶名为“EVA”的巨大人型机器人去和使徒作战。 原本已拒绝的真嗣，在看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定听从父亲的指令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣，即将驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运落在了这个年仅14岁的少年肩上，而“第二次冲击”背后隐藏的“人类补完计划”似乎也悄然启动。掌控着所有答案的碇元渡，只是不动声色地观察着，仿佛一切都早已被写进剧本。