清朝道光年间，朝廷腐败，巫必达的父亲辞官返乡，途中船夫为抢夺他随身携带的财宝将其毒害，巫必达被船夫的女儿所救，逃出后晕倒在路边，被南少林寺方丈搭救。此后，巫必达跟随方丈修行武学，经过十年磨练，成为武林高手，还练就了绝顶轻功“凌空天游之绝计”，能够飞檐走壁、上屋下瓦。他的师兄智能十分妒忌，常把自己奸淫偷盗等恶行嫁祸给巫必达，方丈因此撤销了智能的封号。智能怀恨在心，投靠钦命密杀队，告密称南少林寺与数省天地会暗中勾结、修密册、图谋不轨，朝廷派大军血洗少林寺，烧死了方丈。南少林经历了一场历史大浩劫，一场血雨腥风的大战就此拉开帷幕……