正在调查煽动民众、企图谋反幕府的可疑新兴宗教“白莲教”的狐族首领石动律花（山本千寻），在此过程中，她遇到了接受将军任务前来的风魔忍者阿乔（宫原华音）。律花和阿乔等人要面对的共同敌人，是对德川家心怀怨恨、渴望复兴势力、由服部半藏（凯恩·科斯格）率领的伊贺忍者们！！《BLACKFOX》的世界与《SHOGUN’S NINJA》的世界相交织，狐族、风魔忍者、伊贺忍者之间的忍者大战——NINJA WARS拉开帷幕！！