在未来世界，人类文明高度发达，智能机器人大量出现，在日常生活中占据重要地位。为了实现永恒的生命，人类还尝试将自己改造成机器人。与此同时，名为“银河铁道999号”的宇宙列车承担起连接地球和宇宙文明的重任，让星系之间的距离不再遥远。 少年星野铁郎（野沢雅子 配音）的母亲被嗜杀的机械伯爵杀害，他带着母亲的嘱托，决定前往安达罗星云改造身体。为此，他在车站抢夺他人的银河铁道999号车票，也因此结识了容貌与母亲极为相似的梅蒂尔（池田昌子 配音）。在梅蒂尔的帮助下，他终于登上999号列车，开启了一段未知的旅程…… 本片是《银河铁道999》的第一部剧场版动画。