神医叶长卿因拒绝为县令之女诊治遭构陷，与皇帝萧乾一同蒙冤入狱，幸得皇后相救。县令戴罪医治皇帝，却遭太医暗中下药加害，叶长卿出手化解危机。后续他游历燕地、奔赴边城，接连破除陷害阴谋、研制瘟疫解药。回京后，他当众揭穿大辽皇子逼宫诡计，受封护国医圣，却淡泊名利，飘然远去，四方行医济世。