故事舞台设定在13年前，东京秋叶原发生了6名少女离奇失踪的案件，也就是“秋叶原神隐”，这起案件最终成了悬案。曾被称作天才创作者的新城大辉，为了迎接一年一度的游戏展，宣布要以该事件为题材开发新作游戏《AKIBA LOST》。但在发表后不久，大辉就接到一通威胁电话，对方称：“停止游戏开发，不然悲剧会再次上演。”身为游戏参演者之一的大辉妹妹葵也被卷入此事件，突然失踪了。大辉不得不面临终极抉择：是完成游戏，还是守护妹妹和同伴？