西暦2070年、超新星爆発の影響によって複数のスペースステーションが墜落し、地球に甚大な被害を与えた。この事故は《スカイフォールの災厄》と呼ばれた。《スカイフォールの災厄》によって、宇宙から未知のバクテリアが飛来、地球上の物質を侵食、あるいは同化し、新たな生物《超限生物》を生み出した。 人類は《超限生物》が生息する危険な土地を《ゾーン》と呼び、そこから隔絶され、身体や脳、空間や時間の制約から解放された社会《シティ》を築き上げた。 《シティ》で平和に暮らす少年・マルと、《ゾーン》に取り残されたアイダラ族の少女・ココ。相対する立場の二人が共に生きる道を模索していく。