在草木皆眠的丑三时刻，问题频发的学园里聚集着无名男女。有人称之为“学校警察”，这是夜之战士的故事……（摘自开场旁白） 警察厅的精英山下大介在研修地少年院遭遇院生自杀事件。原本大介只把研修当作晋升的一步，此事却给他带来强烈冲击。他认为学校是将这些孩子逼上绝路的原因之一，便向上司提出潜入学校调查的计划，却因“警察不能介入民事事务”的理由被驳回。 数年后，大介晋升为警视并成为警察署长，还与警视总监有马的女儿祥子订了婚。然而，他叫艺伎千代丸到署长室、玩乐艺伎以及非值班时间去脱衣舞剧场等事传到有马耳中，他被降职到闲职部门警视厅资料编纂室。实际上，这是大介为实现自己的“黑暗潜入搜查班”计划……