皮皮鲁抢走缩小芯片后，带着舒克和贝塔回到自己家。为躲开捕鼠队，三人逃到了交易市场，捕鼠队紧随其后追到此处。朋友加西、琪琪等人布置了防御措施，和强大的机械狗、无人机展开对抗，老鼠科学家也来抢夺芯片。 危急时刻，皮皮鲁决定将加西、方猎猎等人缩小，大家一起商量对付白客公司的办法。与此同时，白客公司开始转移实验室。舒克、贝塔、琪琪等人驾驶飞机、坦克和摩托车与白客公司交战，成功夺回了实验室，但恢复芯片却落入白客公司手中。皮皮鲁对装备进行改造升级，帮助大家潜入白客公司。 舒克和贝塔好不容易找到恢复芯片，却被捕鼠队长抓住，在监狱里遇到了旧敌白路。原来白路因为放电功能被抓来做实验。在白路的帮助下，舒克等人成功逃脱。没想到科学家潜入白客公司并控制了老板，一场大战即将爆发。