2022 年、日本。金魚による殺人事件が多発していた。 公安特設課超常事件想定班（マル超）の環栄李花は、ベテラン刑事の山中伝蔵、東大卒若手ホープの立花雪根とチームを組み捜査に乗り出す。金魚の弾丸、人体の消失、神代の遺跡.... 栄李花たちは様々な「異常」との接触を重ね、やがて「ネアンデルタール人の怒り」というキーワドへと辿り着くのだった。この物語の序章作品となるのが「SUPER SAPIENSS THE BEGINNING」であり、100 年続くSUPERSAPIENSS プロジェクトの、はじまりの始まりとなる。