神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度达成约定后，来到了NERV底层中央教条的红色水池旁，她的命运仿佛即将在此终结。 危急时刻，葛城美里既要完成加持良治交代的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查任务，又要保护碇真嗣和明日香，同时还得防备SEELE与初号机和二号机进行物理接触。 赤木律子因对碇元度心怀憎恨，接受了SEELE引爆MAGI的提议，她能否顺利达成目的？长期与SEELE合作的碇元度、冬月耕造、碇唯，为避免人类遭遇“最终的悲剧”而酝酿的“人类补完计划”能否实现？答案尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中揭晓。