故事开场，主角做了个匪夷所思的梦，梦里听到有人呼唤：“希望你拯救宝可梦世界”。等回过神，竟发现自己变成了宝可梦。随后，在神秘声音的引导下，主角闯入了全是宝可梦的世界。 不知不觉中，能和宝可梦对话的主角，与众多同伴一道，向着不可思议迷宫开启了冒险之旅。