故事讲述了遭受校园暴力的女高中生真子，在图书馆偶然发现一本名为《雷风刃》的忍者主题儿童书，这本书成了她孤寂心灵的唯一慰藉。随后，书中的忍者西洛和尤亚出现在真子面前，并带她穿越到江户时代。在伊贺的世界里，真子依照传说中忍者才藏的指引，开启了忍者修行之旅。与此同时，《雷风刃》里的反派原田堪助现身现实世界。