该剧在第三季又作了更多改动。剧名正式更改成《The Adventures of Superboy》。角色Andy McCalister在第三季时被取消了，但是其演员Ilan Mitchell-Smith在“Season 03 Episode 12: Special Effects (1991)“再度客串Andy McCalister，这时的他是一家电影演播室的实习生。新出现的常驻角色是Peter Jay Fernandez饰演的Matt Ritter，Clark和Lana在灵异事务局的同事，以及Robert Levine饰演的C. Dennis Jackson，灵异事务局局长。该剧在第三季的基调变得低沉，总体上体现出黑色电影的很多特色。当时的一些记者认为这种基调很大程度上是因为一年前Tim Burton主演的Batman电影获得成功。新任制片人Julia Pistor和演员Gerard Christopher补充说，很多故事情节都有成熟的主题，比如“Season 03 Episode 05: Roads Not Taken: Part 1 (1990)“和“Season 03 Episode 06: Roads Not Taken: Part 2 (1990)“讲述的是Superboy遭遇的不同人生：当Kal-El来到地球后所经历的不是像现在这样的，他遇到了另外的自己，一个穿着一件黑夹克、戴着墨镜的自己在愤怒之下杀死了Lex，另一个成为地球的残暴统治者；“Season 03 Episode 10: Mindscape (1990)“讲述了Superboy内心深处的恐惧，一种外星生命将恐惧带进了Superboy的噩梦，同时吸取他的能量；“Season 03 Episode 17: Rebirth: Part 1 (1991)“和“Season 03 Episode 18: Rebirth: Part 2 (1991)“中，Superboy面临着可能使一个人意外丧命而决定放弃Superboy身份的选择。第三季最后的两集“Season 03 Episode 25: The Road to Hell: Part 1 (1991)“和“Season 03 Episode 26: The Road to Hell: Part 2 (1991)“，剧组请来了演员Ron Ely客串另一个现实世界中已退休的成年Superman。