过去，以征服世界为目标的邪恶天才科学家地狱博士让人类陷入灭亡危机。但是，在驾驶着被称为“铁之城”的超级机器人“魔神Z”的兜甲儿及伙伴们的努力下，世界得以恢复和平。不再是驾驶员而成为了科学家的兜甲儿，某日，在富士山地底遭遇到了被埋在山底的超巨大遗迹——INFINITY，以及在那里出现的神秘生命体“莉莎”。而在同一时刻，地狱博士突然神秘地复活了。他还打算利用INFINITY所潜藏的无限可能性，完成他征服世界的野心。就在这有史以来最大危机时，传说的驾驶员兜甲儿与魔神Z再次挺身而出。