在火星发现了神秘箱子——“潘多拉魔盒”，它打开的刹那，巨大的墙壁突然出现，故事就此拉开帷幕。这堵被称作“天空之墙”的墙壁将日本列岛分割成了三部分，还由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 在“东都”，被称为Smash的未确认生命体出现了，它们暗中将人类逼入绝境。这时，一位腰戴腰带、手握不可思议瓶子的青年挺身而出。随着一声「变身！」，青年天才物理学者变身为假面骑士Build，挡在了Smash面前！