背负着思念，迈向全新且面向未来的战斗。遭受自称泛银河统一帝国的神秘势力“乌尔加尔”袭击，地球陷入了存亡危机。由基因操作而生、专为战斗的孩子们——伊兹尔、朝凪、葵、珠希、铃鹿、安朱组成的“拉比茨小队”，凭借最新型战斗设备“AHSMB（灰烬）”投身战斗。他们在攻打乌尔加尔据点的决战中获胜，但伊兹尔在这场战斗中身负重伤，陷入昏迷。朝凪等人在战斗母舰戈迪尼翁上祈祷伊兹尔康复。此时，拥有乌尔加尔皇族基因的迪奥娜现身，统领残余部队入侵地球。其目标是拉比茨母校——格兰泽雷都市学园地下沉眠的“基因”。在伊兹尔意识未恢复的情况下，朝凪下定决心“连伊兹尔那份也一起战斗”。拉比茨小队以及驾驶新灰烬的冯恩小队迎来了最后的战……