故事发生在1370年，彼时正值宗教裁判所盛行的时期。两位教皇——阿维尼翁的克莱芒七世与罗马的乌尔巴诺六世，正为天主教会的统治权展开激烈的争斗。大审判官吉列尔莫·巴纳尔奉克莱芒七世之命，去调查一起撒旦谋杀案。有一位修道院院长在教堂中被钉死，其尸体随后被焚烧。在案发现场附近，一对犹太父子被发现。审判官们把这二人当成了完美的替罪羊，将他们逮捕。不过在审判当天，父亲拼尽全力，想要救下儿子：他宣称那年轻人根本不是他的亲生儿子，甚至不是犹太人，而是名叫尼古拉的基督徒，从幼时就被收养。出乎所有人的预料，巴纳尔相信了这种说法，决定释放尼古拉。然而，又有一名牧师遇害，这次被钉死的尸体上还出现了“黑死病”的迹象。