一只渔船在海上打捞上一个奄奄一息的男子，在救治过程中，发现男子身中数枪，并有刀痕。奇怪的是从臀部取出一个芯片，上面有瑞士苏黎士银行的一个账号。在船员们精心的照料下，男子虽然身体康复，但是他已经失去了往日的记忆，不知自己是谁，叫什么名字！船在西班牙停泊后他前往瑞士苏黎士。由于没有证件只好睡在公园的长椅上，被执勤的警察叫醒，只想睡觉的他对警察的纠缠忍无可忍，动手打倒了警察。这时他发现自己不但武功高强，而且还会说多国语言。这令他莫名其妙……与此同时，CIA（ 中央情报局）部署的一个被称为“绊脚石”的计划正在执行中，但是派出去的干员与CIA失去了联络，CIA十分焦急。男子来到苏黎士银行写下了那个神秘的账号，按一切程序检测完毕以后，银行把保险箱拿给了他。打开保险箱后，他惊呆了，一把手枪、多国钞票、六国护照和一个巴黎的住址，而且六本护照上写的都是同一个名字——杰森·伯恩，这一切使他陷入了冒险的旅途。在美国使馆内，伯恩认识了一个女孩叫玛莉。她正与工作人员争吵。伯恩的举动被安检人员发现，警察上前抓住伯恩，但都被他三拳两脚打翻在地，他逃出了使馆。正当伯恩无处可逃之时，遇到在使馆见到的女孩玛莉，他请玛莉开车把自己送到巴黎，付一万美元，到巴黎之后再付一万美元，玛莉惊喜，同意将伯恩送到巴黎。CIA的人也在寻找失踪的“伯恩”，因为伯恩是中情局的干员，被派出去执行被称为“绊脚石”的暗杀行动，但事情现己败露，CIA决定除掉伯恩，因此派人到处寻找伯恩。玛莉开车送伯恩前往巴黎途中对他产生好感，决定帮助他。伯恩始终没有搞清那个账号、护照等等是怎么回事。他拿着巴黎的地址穿过数条街道寻找门牌号。找到之后他稍做安顿，突然一个杀手闯了进来，经过一番激烈的撕打，杀手跳窗而逃。伯恩感到自己己被跟踪，带着玛莉马上离开了。伯恩劝告玛莉不要跟着他，否则很危险，自己则要留下来把事情搞清楚。但玛莉并没有离开伯恩，为了安全，伯恩给玛莉改变了发型。CIA在调查案子的同时，伯恩也在加速搞清事情真相。沃姆伯西在家中被杀，CIA认为是伯恩干的，因此他一直都在被追杀。自己到底是谁？是在顶替谁？这一切令伯恩百思不得其解，他到过停尸间，走访过渔具商店经理和航海保全部，结果都令他很失望。伯恩被八方追击，玛莉决定带伯恩到朋友伊蒙家中暂避，但是在这里也同样被盯上了。伯恩拿出一笔钱让玛莉赶快逃离这里。伯恩告诉玛莉离开后千万不要同任何人联系。伯恩电话中约CIA的头目在巴黎新桥见面。CIA趁此机会加大警力，一定要除掉伯恩，伯恩在与康（ CIA的头目）对话中揭露了他的阴谋。